2003年4月、再選された石原知事は「より過激にやる」と豪語し、同年11月「第二次都庁改革アクションプラン」を策定しました。この「第二次アクションプラン」は、まさに「都政リストラ」のオンパレードと言えるもので都政全面にわたってリストラを押し進めるものです。
試験研究機関についてみると、それぞれ実行期限(最長2006年度)を定めて、業務、運営の見直しを指示し、縮小廃止統合を含め、民営化、財団化、地方独立行政法人化などを迫っています。
その結果、2005年4月には、東京X豚の開発で知られる畜産試験場など農林畜産系の3試験場は農林総合研究センターに統合されると同時に、(財)農林水産振興財団に移管されました。島しょに分散している各分場は、本体から切り離され、水産試験場と統合されて島しょ農林水産総合センターへと再編されました。現場を無視したこれらの再編統合は、調査研究を進める上で大きな障害になっています。また、商工系の産業技術研究所は、大きな反対運動が展開されたものの、2006年4月には、中小企業振興センターと共に再編され、一般型地方独立行政法人の都立産業技術総合研究センターになりました。法人化により「中小企業の振興」という本来の業務が歪められる恐れが強まっています。
また、2005年5月末には、試験研究機関のみを対象に、アクションプランの検討作業に追い打ちをかけるように総務局長通知が出されました。通知は、「行政権限を行使しない試験研究機関は原則直営廃止」、「2006年度組織改正に反映せよ」などとして、「地方独立行政法人化、公益法人への移行・全面委託、組織の廃止等」を迫っています。その結果、土木系の土木技術研究所は研究機能が廃止され、2006年4月土木技術センターに縮